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Expedeon的TruePrime?帶您探索單細(xì)胞基因組的奧秘

作者:admin 信息來源:達(dá)科為 日期:20190605 打印 字體:  
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單細(xì)胞全基因組測(cè)序是在單細(xì)胞水平上對(duì)全基因組進(jìn)行擴(kuò)增與測(cè)序的一項(xiàng)技術(shù),是近年來研究最為熱門最為前沿的技術(shù)之一。原理非常簡(jiǎn)單,首先將要研究的單個(gè)細(xì)胞分離出來進(jìn)行全基因組DNA擴(kuò)增,獲得高覆蓋率和完整的基因組之后進(jìn)行高通量測(cè)序,進(jìn)而揭示單個(gè)細(xì)胞間的基因差異。因此,在擴(kuò)增過程中獲得高覆蓋率以及高保真性的擴(kuò)增產(chǎn)物是得到全面準(zhǔn)確測(cè)序結(jié)果的必要條件。

傳統(tǒng)的PCR方法在擴(kuò)增過程中容易出現(xiàn)較多的擴(kuò)增偏倚、基因缺失等現(xiàn)象,尤其是在單細(xì)胞擴(kuò)增過程中容易丟失大量序列。而近年來發(fā)展出來的MDA(Multiple Displacement Amplification,多重置換擴(kuò)增)技術(shù)不僅具有高分辨率和高基因組覆蓋度,而且具有更好的敏感性和特異性,因而是公認(rèn)較好的單細(xì)胞基因組擴(kuò)增技術(shù)。下面就為大家介紹一款來自Expedeon公司基于MDA技術(shù)的單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增試劑盒TruePrimeSingle Cell WGA Kit。

TruePrime?采用MDA技術(shù),基于新型的TthPrimPol 引物酶和Phi29 DNA聚合酶,擴(kuò)增過程無需添加隨機(jī)引物,減少了擴(kuò)增偏倚,提高了擴(kuò)增過程的覆蓋率和保真性,并且對(duì)于污染的外源DNA不敏感,可重復(fù)性好。TruePrime?可用于單個(gè)細(xì)胞或少量細(xì)胞的全基因組擴(kuò)增,與常見的NGS平臺(tái)如Illumina和IonTorrent等兼容性良好。

△圖1:基于TthPrimPol 引物酶和Phi29 DNA聚合酶的擴(kuò)增原理

TruePrime?技術(shù)優(yōu)勢(shì)

No1. 起始樣本量低

△圖2:使用人體全基因組樣本進(jìn)行連續(xù)倍比稀釋后用TruePrime?進(jìn)行擴(kuò)增,Ion Torrent進(jìn)行測(cè)序分析

結(jié)果表明僅使用1fg 的樣本即可以擴(kuò)增出95%以上的人體基因組片段;而使用隨機(jī)引物擴(kuò)增的結(jié)果中,約有20%不匹配任何生物體的非特異性序列(右下圖)。

No2. 高保真性

△圖3:分離單個(gè)HEK293細(xì)胞,按照TruePrime?說明書擴(kuò)增3小時(shí)和6小時(shí),使用PicoGreen試劑盒檢測(cè)DNA產(chǎn)量

分析數(shù)據(jù)表明,TruePrime?擴(kuò)增結(jié)果和陰性對(duì)照組(原始樣品)的各項(xiàng)數(shù)據(jù)差異均最小。

No3. 高覆蓋率

△圖4:左圖:TruePrime?擴(kuò)增產(chǎn)物和原始樣本的染色體覆蓋率對(duì)比;

右圖:3號(hào)染色體圖譜的覆蓋模型,TruePrime?擴(kuò)增得到的DNA與未擴(kuò)增的DNA覆蓋率接近。

擴(kuò)增能力強(qiáng),無引物互作,無擴(kuò)增偏倚,覆蓋率高,保真性好,重復(fù)性好,集諸多優(yōu)勢(shì)于一身的TruePrime?,還有什么理由不選擇呢?TruePrime?會(huì)為您的單細(xì)胞測(cè)序工作帶來極大的便利!除此之外,Expedeon還提供用于擴(kuò)增cfDNA, circular DNA等多種類型DNA的試劑盒喲!

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Expedeon(英國)是世界領(lǐng)先的生物分子結(jié)合技術(shù)和服務(wù)專業(yè)公司。公司為研究機(jī)構(gòu)的科學(xué)家和商業(yè)生產(chǎn)提供相關(guān)試劑產(chǎn)品。公司提供包括基因組學(xué)、免疫學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)等相關(guān)產(chǎn)品。主要產(chǎn)品線包括Expedeon?, Lightning-Link?, InnovaCoat?,Thunder-Link?, RunBlue?, GELFREE?, TruePrime?,Sunscript?, InstantBlue?等。產(chǎn)品提供給全球的科研實(shí)驗(yàn)室,制藥企業(yè),生物技術(shù)和診斷公司等。

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